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PubReMiner 数据库一般使用方法和常见问题
PubReMiner 数据库一般使用方法和常见问题

现在 PubMed 数据库越来越大,在浩如烟海的文献中如何找到自己最需要的文献越来越麻烦。PubReMiner 是一个很好用的工具,不仅可以利用 PubReMiner 汇总分析 PubMed 查询结果提高查询效率,另外还可以为论文选择可投期刊,查找某一研究领域的专家,并且还可以确定某一专家的研究方向。但是有许多人还是对 PubReMiner 不是太清楚,本文介绍一下 PubReMiner 常见的问题。PubMed 数据库现在越来越大。在 PubMed 中检索时,可能得到很多的结果。但是这些结果可能并不是自己全部需要的。因此就需要对检索结果进行筛选,通过增加或变换检索词限制检索条件。但是改变哪些检索词更有效有些人可能不清楚。PubReMiner 就是这样一个工具。可以先进行模糊搜索,之后通过增加/删除检索词/作者/期刊引导用户进行检索。检索词/作者/期刊以降序排列,因此可以清晰的了解哪些检索词才是最佳的组合。另外还可以看到发表该类文章最多的期刊,在投稿的时候有助于选择命中率高的期刊。还能看到发表此类文章最多的专家,不仅在选择审稿人时有目的性,而且还能得出大牛的研究方向面获得研究思路。PubReMiner 可以利用 PubMed 的检索式就能检索。如果不会写检索式,可以利用 PubMed 的高级检索方法,最后得到的检索式 PubReMiner 也可以识别。详见:利用 PubReMiner 汇总分析 PubMed 查询结果提高查询效率。当然也可以直接在 PubMeder 中直接输入检索词,但是这样可能会导致检索结果过多,而 PubReMiner 对检索结果有数量要求,一次最多只能处理 1 万个文献。因此如果检索式太简单,检索结果又更多时,会超出 PubReMiner 的处理能力。因此对于热门研究,建议检索式最好更具体一些,不然结果太多会报错。当提交检索式的时候,PubReMiner 可以处理检索要求,并把结果以频率表的形式显示,以关键词出现的次数多少降序排列。比如我们检索一下最近两三年闹的挺凶的埃博拉病毒,在检索框中输入「Ebola virus」可以得到 3075 篇文献,此时需要把「Absract Limit」调成显示「10000」篇才能正常处理。可以看到 PubReMiner 把检索结果根据不同的条件进行了降序排列,2014 年埃博拉病毒的研究呈爆发式增长,因为这一年出现了埃博拉病毒的流行,因此研究的也就相应的多了起来。

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如何利用PubReMiner进行科研初步选题
如何利用PubReMiner进行科研初步选题

前面我们介绍过利用 PubReMiner 汇总分析 PubMed 查询结果提高查询效率和PubReMiner 一般使用方法和常见问题,从中我们知道 PubReMiner 的用处很大,其中就可以利用 PubReMiner 进行科研的初步选题,这对于处在彷徨阶段的研究生来说不无帮助。对于研究生来说,如果以前没有做过科研,老板有课题还好说,接着前面的师兄和师姐往下做就可以了,基本上不用费什么劲找什么课题。但是有的导师可能没有课题,或者有新的研究思路方向,突然有一天给你说,你去看看有关某某的研究。此时就需要自己找课题了,如何下手,如何进行选题?@孟召伟等人的医学研究生SCI论文选题撰写及投稿一文对此曾有论述,可以从临床和病例中进行选题,也可以从基础研究选题。这次要说是的,如何利用 PubReMiner 进行科研选题。首先要根据导师的意愿在 PubMed 中进行粗略的搜索。比如老板的现在甩给你一句话,你去看看银屑病临床方面的研究。临床研究太多了,从病因,发病机制,到治疗预后都有研究的地方。甚至其中一个小小的点就可能有无数的研究在进行。因此,要先在 PubMed 中进行一下粗略的搜索,看看当前有多少研究,并且可以把检索式保存下来,这样可以将来在 PubReMiner 中进行分析。好了,那就去 PubMed 吧,打开网址 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed,记住不要一般搜索,要进行高级搜索。如果一般搜索的话,出来的文献太多。选择「Advaced」打开高级搜索选项。为了让搜索更加准确一些,我们现在根据老板的意思,先使用关键词「psoriasis」和「clinical」进行搜索,范围界定在题目和摘要中。最后检索式:(psoriasis[Title/Abstract]) AND clinical[Title/Abstract],进行搜索一下看看,查询到了 6830 篇文献。注意:因为 PubReMiner 一次性最多能处理 1 万篇的文献,如果在 PubMed 中查询到的文献多于 1 万篇,要不断缩小检索范围,只到最后得到的结果是 1 万篇以下。

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