PubReMiner
PubReMiner 数据库一般使用方法和常见问题
现在 PubMed 数据库越来越大，在浩如烟海的文献中如何找到自己最需要的文献越来越麻烦。PubReMiner 是一个很好用的工具，不仅可以利用 PubReMiner 汇总分析 PubMed 查询结果提高查询效率，另外还可以为论文选择可投期刊，查找某一研究领域的专家，并且还可以确定某一专家的研究方向。但是有许多人还是对 PubReMiner 不是太清楚，本文介绍一下 PubReMiner 常见的问题。PubMed 数据库现在越来越大。在 PubMed 中检索时，可能得到很多的结果。但是这些结果可能并不是自己全部需要的。因此就需要对检索结果进行筛选，通过增加或变换检索词限制检索条件。但是改变哪些检索词更有效有些人可能不清楚。PubReMiner 就是这样一个工具。可以先进行模糊搜索，之后通过增加/删除检索词/作者/期刊引导用户进行检索。检索词/作者/期刊以降序排列，因此可以清晰的了解哪些检索词才是最佳的组合。另外还可以看到发表该类文章最多的期刊，在投稿的时候有助于选择命中率高的期刊。还能看到发表此类文章最多的专家，不仅在选择审稿人时有目的性，而且还能得出大牛的研究方向面获得研究思路。PubReMiner 可以利用 PubMed 的检索式就能检索。如果不会写检索式，可以利用 PubMed 的高级检索方法，最后得到的检索式 PubReMiner 也可以识别。详见：利用 PubReMiner 汇总分析 PubMed 查询结果提高查询效率。当然也可以直接在 PubMeder 中直接输入检索词，但是这样可能会导致检索结果过多，而 PubReMiner 对检索结果有数量要求，一次最多只能处理 1 万个文献。因此如果检索式太简单，检索结果又更多时，会超出 PubReMiner 的处理能力。因此对于热门研究，建议检索式最好更具体一些，不然结果太多会报错。当提交检索式的时候，PubReMiner 可以处理检索要求，并把结果以频率表的形式显示，以关键词出现的次数多少降序排列。比如我们检索一下最近两三年闹的挺凶的埃博拉病毒，在检索框中输入「Ebola virus」可以得到 3075 篇文献，此时需要把「Absract Limit」调成显示「10000」篇才能正常处理。可以看到 PubReMiner 把检索结果根据不同的条件进行了降序排列，2014 年埃博拉病毒的研究呈爆发式增长，因为这一年出现了埃博拉病毒的流行，因此研究的也就相应的多了起来。
如何利用PubReMiner进行科研初步选题
前面我们介绍过利用 PubReMiner 汇总分析 PubMed 查询结果提高查询效率和PubReMiner 一般使用方法和常见问题，从中我们知道 PubReMiner 的用处很大，其中就可以利用 PubReMiner 进行科研的初步选题，这对于处在彷徨阶段的研究生来说不无帮助。对于研究生来说，如果以前没有做过科研，老板有课题还好说，接着前面的师兄和师姐往下做就可以了，基本上不用费什么劲找什么课题。但是有的导师可能没有课题，或者有新的研究思路方向，突然有一天给你说，你去看看有关某某的研究。此时就需要自己找课题了，如何下手，如何进行选题？@孟召伟等人的医学研究生SCI论文选题撰写及投稿一文对此曾有论述，可以从临床和病例中进行选题，也可以从基础研究选题。这次要说是的，如何利用 PubReMiner 进行科研选题。首先要根据导师的意愿在 PubMed 中进行粗略的搜索。比如老板的现在甩给你一句话，你去看看银屑病临床方面的研究。临床研究太多了，从病因，发病机制，到治疗预后都有研究的地方。甚至其中一个小小的点就可能有无数的研究在进行。因此，要先在 PubMed 中进行一下粗略的搜索，看看当前有多少研究，并且可以把检索式保存下来，这样可以将来在 PubReMiner 中进行分析。好了，那就去 PubMed 吧，打开网址 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed，记住不要一般搜索，要进行高级搜索。如果一般搜索的话，出来的文献太多。选择「Advaced」打开高级搜索选项。为了让搜索更加准确一些，我们现在根据老板的意思，先使用关键词「psoriasis」和「clinical」进行搜索，范围界定在题目和摘要中。最后检索式：(psoriasis[Title/Abstract]) AND clinical[Title/Abstract]，进行搜索一下看看，查询到了 6830 篇文献。注意：因为 PubReMiner 一次性最多能处理 1 万篇的文献，如果在 PubMed 中查询到的文献多于 1 万篇，要不断缩小检索范围，只到最后得到的结果是 1 万篇以下。